İç zar

Ökaryotik hücrelerde çeşitli zarla çevrili yapılar bulunur, bunlara toplu olarak içzar sistemi denir. Vezikül veya koful (vaküol) gibi basit bölmeler başka zarlardan tomurcuklanarak meydana gelirler. Çoğu hücre endositoz adı verilen bir süreçle besin ve diğer maddeleri içlerine alır; endositozda dış zar içe kıvrılıp sonra büzülerek bir vezikül oluşturur. Çoğu diğer zar çevrili organelin evrim sırasında bu tür veziküllerden meydana gelmiş olduğu muhtemel sayılmaktadır.
Çekirdek, çekirdek kılıfı olarak adlandırılan bir çift zar ile çevrilidir. Çekirdek örtüsünde bulunan gözenekler moleküllerin girip çıkmasını sağlar. Çekirdek kılıfının çeşitli tüp veya yapraksı uzantıları endoplazmik retikulum (ER) olarak adlandırılan yapıyı oluşturur, bu yapı protein ulaşımı ve olgunlaşmasından sorumludur. Granüllü ER'de ribozomlar bulunur ve bunların sentezlediği proteinler, ER'nin iç kısmına (lümenine) girer. Bu proteinler sonradan Düz ER'den (yani ER'nin granülsüz kısmından) tomurcuklanan veziküllerin içine girerler. Çoğu ökaryotta bu protein taşıyan veziküller Golgi aygıtı veya diktiyozom denen yassılaşmış vezikül desteleriyle kaynaşırlar ve proteinler orada çeşitli yapısal değişimlere uğrarlar.
Veziküller, çeşitli amaçlar için özelleşmişdir. Örneğin lisozomlar, besin kofullarının içindekileri sindiren enzimler bulundur, peroksizomlar ise hücre için zehirli olan peroksiti parçalar. Çoğu protozoada bulunan büzülür (kontraktil) kofullar hücredeki fazla suyu toplayıp dışarı atarlar, ekstruzomlar ise avcı (predatör) canlıları kaçırmak ve hücrenin avını yakalaması için dışarı madde atmaya yarar. Çok hücreli canlılarda hormonlar çoğu zaman veziküllerde üretilirler. Yüksek bitkilerde hücre hacminin büyük bir kısmı merkezi koful tarafından işgal edilir, hücrenin osmotik basıncı onun tarafından sabit tutulur.

Mitokondri ve plastitler